吳起的軍事思想主要集中于《吳子兵法》。在《吳子兵法》中，吳起主張把政治和軍事結合起來，對內修明文德，對外做好戰備，兩者必須并重，不可偏廢。在政治、軍事并重的前提下，吳起更重視政治教化，用道、義、禮、仁治理軍隊和民眾。吳起還從戰爭起因上將戰爭分為義兵、強兵、剛兵、暴兵、逆兵等不同性質，主張對戰爭要采取慎重的態度，反對窮兵黷武。

吳起主張兵不在多，要建立一支平時守禮法，戰時有威勢，前進時銳不可擋，后退時速不可追的軍隊。建立這樣的軍隊，要選募良材，重用勇士和志在殺敵立功的人，為他們加官進爵，厚待他們的家人，讓他們作為軍隊的骨干。對士卒的使用要因人而異，使其發揮各自的特長。要按照同鄉同里編組，同什同伍相互聯保，對部眾嚴格管理。采取一人教十人，十人教百人…萬人教三軍的教戰方法，嚴格訓練。讓士兵適應方陣、圓陣的變化以及掌握隊列的前、后、左、右、坐、起、進、止等動作，熟悉金、鼓、旗、鈴等指揮號令。前進有重賞，后退有重罰，賞罰必信。獎勵有功者，勉勵無功者，撫恤和慰問犧牲將士的家屬。要選拔文武兼備、剛柔并用、安撫士眾、威懾敵軍、決斷疑難的武將作為軍隊的主將。

吳起主張要根據不同國家不同的地理條件、政治狀況、人民習俗、經濟實力、軍隊素質和軍陣陣法等特點，制定不同的軍事策略，為此他針對六國不同的特點制定了不同的作戰方針和戰法。吳起還強調要摸清敵人的部署情況，選擇其薄弱環節進行打擊，為此他列出了八種不需要占卜吉兇就可出擊、六種不需占卜不要與敵作戰的情況。吳起還主張用兵要隨機應變，為此他提出擊強、擊眾、谷戰、水戰、圍城等具體戰法。此外，吳起還最早對養馬和騎戰做了專門的論述。

早年經歷

吳起出生于家有千金的富足家庭，早年在外求官不成，耗盡全部家產。同鄉鄰里的人笑話他，他就殺掉三十多個譏笑自己的人，從東門逃出衛國。吳起和母親訣別時，咬著自己的胳膊狠狠地說：“我吳起如果做不了卿相，就絕不再回衛國。”后來吳起拜曾參之子曾申為師，學習儒術。吳起的母親病逝，他沒有回家奔喪，曾申惱怒吳起不孝，和他斷絕了師生關系，吳起于是棄儒學兵，侍奉于魯國季孫氏門下。

侍奉魯君

公元前412年，齊宣公發兵攻打魯國的莒縣（今山東省日照市莒縣）和安陽。魯穆公想任用吳起為將，但吳起的妻子是齊國人，魯穆公對他有所懷疑。吳起渴望成就功名，于是殺掉自己的妻子，表示不偏向齊國。魯穆公任命吳起為將，率軍大敗齊軍。取勝后的吳起引起魯國群臣的非議，有人在魯穆公面前中傷吳起說：“吳起是個猜疑殘忍的人，早年殺死鄉人，又因為不孝被曾申逐出師門，君上對他有所懷疑的時候他就殺死自己的妻子。況且魯國是個小國，一旦有了戰勝國的名聲，就會招致各國的攻打。魯國和衛國是兄弟國家，君上重用吳起，就等于拋棄了衛國。”魯穆公于是對吳起產生了懷疑，免去了吳起的官職。而吳起的主公季孫氏也因懈怠賓客被殺，經人勸說，吳起離開魯國投奔魏國。

投奔魏國

吳起聽說魏文侯很賢明，想要前去投奔。魏文侯向大臣李悝詢問吳起為人如何，李悝說：“吳起貪慕功名而且好色，但是用兵連司馬穰苴也比不上他。”魏文侯于是任命吳起為將軍，輔佐樂羊攻打中山國。

吳起擔任將領期間，跟最下等的士兵穿一樣的衣服，吃一樣的伙食，睡覺不鋪墊褥，行軍不乘車騎馬，親自背負捆扎好的糧食和士兵們同甘共苦。有個士兵生了惡性毒瘡，吳起替他吸吮膿液。這個士兵的母親聽說后放聲大哭。有人說：“你兒子是個無名小卒，將軍親自替他吸吮膿液，你怎么還哭呢？”那位母親回答說：“不是這樣的，當年吳將軍替我丈夫吸吮毒瘡，他在戰場上勇往直前，死在敵人手里。如今吳將軍又替我兒子吸吮毒瘡，我不知道他會死在什么地方，因此我才哭啊。”

大破秦軍

公元前409年，魏文侯任命吳起為主將，攻克秦國河西地區（今山西、陜西兩省間黃河南段以西地區）的臨晉（即王城，今陜西省大荔縣東南）、元里（今陜西省澄城縣東南）并筑城。次年，吳起再次率軍攻打秦國，一直打到鄭縣（今陜西省華縣），攻克洛陰（今陜西省大荔縣西南）、郃陽（今陜西省合陽縣東南）并筑城。4-1而秦國只能退守至洛水，沿河修建防御工事，并筑重泉城（今陜西省蒲城縣東南）加以防守。在與秦軍作戰期間，吳起從不自視比普通士卒高人一等，夜晚就睡在不加平整的田埂上，用樹葉遮蓋身體來躲避霜露的侵襲。這樣加上前412年被公子擊占領的繁龐（今陜西省韓城市東南），魏國全部占有原本屬于秦國的河西地區，并在此設立西河郡。經翟璜推薦，由吳起擔任首任郡守。

吳起擔任西河郡守期間，向子夏學習儒家思想，并改革魏國兵制，創立武卒制。吳起規定凡是能夠身著全副甲胄，執12石之弩，背負箭矢50個，荷戈帶劍，攜三日口糧，在半日內跑完百里者，可入選為武卒，免除其全家的徭役和田宅租稅。武卒經過吳起的嚴格訓練，成為魏國的精銳之師。吳起擔任西河郡守期間，為抵御秦國的進攻，修筑了吳城（今山西省孝義市西南）。據《吳子兵法》記載，吳起擔任西河郡守期間率兵南征北戰，為魏國奪取土地千里。期間共與諸侯軍隊大戰76次，大勝64次，其余不分勝負。

談論政事

魏文侯死后，吳起侍奉他的兒子魏武侯。有一次魏武侯和大臣們乘船在西河郡巡視，魏武侯感嘆道：“河山這樣的險峻，邊防難道不是很堅固嗎？”大臣王錯 在旁邊附和道：“這就是魏國強大的原因。如果您再修明政治，那么我們魏國稱霸天下的條件就具備了。”吳起回答說：“我們君侯的話，是亡國的論調，你又來附和，這就更加危險了。”魏武侯氣憤地說：“你這話是什么道理？”吳起回答說：“河山的險固是不能依靠的，霸業也從來不因為山河的險固而產生。過去三苗居住的地方，左有彭蠡湖，右有洞庭湖，岐山居北面，衡山處南面。雖然有這些天險倚仗，可是政事治理不好，結果大禹流放了他們。夏桀的國家，左面是天門山的北麓，右邊是天溪山的南邊，廬山和嶧山在二山北部，伊水、洛水流經它的南面。有這樣的天險，但是沒有治理好國政，結果被商湯擊敗了。殷紂王的國家，左邊有孟門山，右邊有漳水和滏水，面對著黃河，背靠著山。雖有這樣的天險，然而國家治理不好，遭到周武王的討伐。再說您曾經親自率領我們占領、攻陷了多少城邑，那些城的城墻不是不高，敵兵不是不多，然而能夠攻破它們，那還不是因為他們政治腐敗的緣故嗎？由此看來，依靠河山險固，怎么能夠成就霸業呢？”魏武侯十分贊同吳起的觀點，說：“我今天才聽到圣人的言論啊，河西政事都委托給你了。”

吳起擔任西河郡守期間，威信很高。魏武侯繼位后，魏國國相一職空缺，許多人都認為吳起能夠順利當選，但最終魏武侯任命田文為國相。吳起很不高興，對田文說：“我與您比一下功勞，可以嗎？”田文說：“可以。”吳起說：“統率三軍，讓士兵樂意為國死戰，敵國不敢圖謀侵犯魏國，您能和我比嗎？”田文說：“不如您。”吳起說：“管理文武百官，讓百姓親附，充實國庫的儲備，您能和我比嗎？”田文說：“不如您。”吳起說：“拒守西河郡讓秦國的軍隊不敢向東侵犯，讓韓國、趙國都服從歸順，您能和我比嗎？”田文說：“不如您。”吳起說：“這幾方面您都不如我，可是您的官位卻在我之上，這是什么道理呢？”田文說：“國君還年輕，國人疑慮不安，大臣不親附，百姓不信任，在這個時候，是把政事托付給您呢，還是應當托付給我？”吳起沉默了許久，然后說：“應該托付給您啊。”田文說：“這就是我的官位比您高的原因啊。”

陰晉之戰

魏武侯曾按照吳起的建議在廟堂設宴宴請士大夫，席間設三排座位，立上等功者坐前排，用上等酒席和貴重餐具；次等功者坐中排，酒席、餐具比上等功差些；無功者坐后排，只有酒席，沒有貴重餐具。宴會后又在廟堂門外按功勞大小賞賜有功人員的父母妻子。對于死難將士的家屬，則每年派使者慰問，撫恤他們的父母。

此措施實行三年后，公元前389年，秦惠公出兵五十萬攻打魏國的陰晉（今陜西省華陰市東南）。魏國的士卒得知這一消息，不等待官吏的命令自動穿戴盔甲準備抗敵的達數以萬計。吳起親自率領其中沒有立過軍功的五萬人，外加戰車五百輛、騎兵三千大敗秦軍。

公元前387年，魏武侯以吳起為將，率軍討伐齊國至靈丘（山東省滕縣東）。

投奔楚國

田文死后，公叔出任國相。公叔非常畏懼吳起的才能，他的仆人向他建議說：“吳起為人有骨氣又重視名譽聲望。您可以對魏武侯說您的國土太小，容納不了吳起這樣的人才。當魏武侯問您怎么辦時，您就建議魏武侯用下嫁公主的辦法試探吳起，如果吳起有長期留在魏國的打算，就一定會迎娶公主，如果沒有長期留下來的打算，就一定會推辭。然后您找個機會請吳起到家里來做客，在宴會中故意惹公主發怒，當她當面羞辱您，吳起看到公主這樣羞辱您，就肯定不會娶公主了。”公叔采納了他的建議，吳起見到公主如此羞辱國相，婉言謝絕了魏武侯聯姻的邀請。魏武侯從此不再信任吳起。

王錯不斷在魏武侯面前進讒言，魏武侯于是派人召喚吳起。吳起行進至岸門（今山西省河津市南）時，停下車回頭遙望西河郡，眼淚一行行流了下來。他的車夫對他說：“我私下觀察您的心志，把舍棄天下看得就像扔掉鞋子一樣。如今您離開西河郡，卻流下了眼淚，這是什么緣故??？”吳起擦去眼淚回答說：“你不知道，如果君侯信任我，讓我盡自己的才能，那么我就可以幫助君侯成就王業。如今君侯卻聽信小人的饞言不信任我，西河郡被秦國攻取的日子不會久了，魏國從此要削弱了。”吳起于是離開魏國投奔楚國。

吳起變法

吳起投奔楚國后，楚悼王一向仰慕吳起的才能，任命吳起為宛城（今河南省南陽市宛城區一帶）太守，一年后升任令尹。期間他曾兩次巡視至息縣（今河南省息縣），向屈宜臼詢問在楚國的為臣之道，但屈宜臼對吳起將要在楚國進行的變法持堅決的反對態度。

擔任令尹后的吳起在楚國國內進行了大刀闊斧的改革，具體措施有：

制定法律并將其公布于眾，使官民都明白知曉。

凡封君的貴族，已傳三代的取消爵祿；停止對疏遠貴族的按例供給，將國內貴族充實到地廣人稀的偏遠之處。

淘汰并裁減無關緊要的官員，削減官吏俸祿，將節約的財富用于強兵。

糾正楚國官場損公肥私、讒害忠良的不良風氣，使楚國群臣不顧個人榮辱一心為國家效力。

統一楚國風俗，禁止私人請托。

改“兩版垣”為四版筑城法，建設楚國國都郢（今湖北省江陵市西北）。

經過吳起變法后的楚國國力強大，向南攻打百越，將楚國疆域擴展到洞庭湖、蒼梧郡一帶。公元前381年，楚國出兵援助趙國，與魏軍大戰于州西（今河南省武陟縣西南以西）。楚軍穿越梁門（位于大梁西北的關塞），駐軍林中（位于梁門以北），飲馬于黃河，切斷魏國河內郡與首都安邑（今山西省夏縣西北）的聯系。趙國借助楚國的攻勢，火攻棘蒲（今河北省魏縣南），攻克黃城（今山東省冠縣南），楚、趙兩國大敗魏軍。0-4諸侯都畏懼楚國的強大，但吳起的變法招致了楚國貴族的怨恨，也為自己埋下了殺身之禍。

慘遭殺害

前381年，楚悼王去世，楚國貴族趁機發動兵變攻打吳起。貴族們用箭射傷吳起，吳起拔出箭逃到楚悼王停尸的地方，將箭插在楚悼王的尸體上，大喊：“群臣叛亂，謀害我王。”貴族們在射殺吳起的同時也射中了楚悼王的尸體。楚國的法律規定傷害國王的尸體屬于重罪，將被誅滅三族。楚肅王繼位后，命令尹把射殺吳起同時射中楚悼王尸體的人全部處死，受牽連被滅族的有七十多家。4-4陽城君因參與此事逃奔出國，其封地被沒收。吳起的尸身也被處以車裂肢解之刑。7-4吳起死后，他在楚國的變法宣告失敗。

吳起在魏、楚兩國軍事、內政方面的成就在戰國時期起到了深遠的影響，后任魏國國相的公叔痤在澮北之戰獲勝后主動將戰功讓給吳起的后人，并稱獲勝的原因是受“吳起的余教”。與吳起同為衛國人的商鞅，受吳起的影響也很大，如在商鞅變法中的徙木立信和什伍連坐法都是仿效吳起的措施。