朱孝臧，歸安（今湖州）埭溪渚上彊村人。父光第（字杏簪），初幕游江淮間，光緒中曾任河南鄧州知州，后被劾落職卒于河南。朱孝臧童年愛好文學，隨父在河南生活。光緒八年（1882年）中舉，光緒九年（1883年）中癸未科二甲一名進士，改庶吉士，散館授編修，歷官會典館總纂總校、侍講學士、禮部侍郎、兼署吏部侍郎。光緒三十年（1904年），出為廣東學政，因與總督不和，最后辭官，寓居蘇州，任教于江蘇法政學堂。

光緒二十六年（1900），義和團包圍外國使館，董福祥部擊斃日本外交官。朱孝臧上疏反對仇教開釁，因觸怒西太后等，幾獲罪。次年《辛丑條約》簽訂后，以“忠心謀國”升為內閣學士，擢為禮部侍郎。是年秋，外放廣東學政。因與總督意見不合，引病退職，卜居蘇州。不久，被聘為江西法政學堂監督。宣統元年（1909），為弼德院顧問大臣，因病未赴任。辛亥革命后，隱居上海。袁世凱欲聘為高等顧問，一笑拒之，后在天津以君禮參拜廢帝溥儀，卒于上海。

朱孝臧有親兄弟三人：二弟孝威，分省補用道；三弟祖謙，江蘇候補巡檢；四弟祖譽，國史館謄錄。朱孝臧原配嚴氏封一品夫人，側室陸氏。嚴氏出一子：方詒，二品蔭生，官山東通判。才雋有父風，壯年殞折。娶夏氏，孫桐第二女也。孫一：貞同，奇慧先殤。所以繼大宗者尤可待。晚撫仲弟子方飭為嗣。