蒲宗孟還參加過(guò)給皇帝修起居注和修國(guó)史的工作，后又升為翰林學(xué)士兼待讀。翰林學(xué)士負(fù)責(zé)為皇帝起草詔書，待讀是給皇帝講學(xué)的，都是非常接近皇帝的職務(wù)。有一天，神宗對(duì)蒲宗孟說(shuō)："翰林學(xué)士的職務(wù)很清高，又很接近君主，不是其他官員能比的。"于是賞賜蒲宗孟官服上佩戴金魚。學(xué)士在官服上佩戴金魚，是從薄宗孟開(kāi)始的。在蒲宗孟任翰林學(xué)士兼待讀期間，樞密都承旨張誠(chéng)一很放肆專橫。他的地位在學(xué)士之上，更加接近皇帝和經(jīng)常參與重大政事。他經(jīng)常假借皇帝有什么旨意來(lái)威脅其他官員，蒲宗孟覺(jué)察到這一點(diǎn)，就到皇帝跟前問(wèn)皇上究竟有沒(méi)有這些旨意，結(jié)果都是假的。皇上從這件事看出了蒲宗孟這個(gè)人剛正不阿，于是加封他為尚書左丞，后來(lái)，又升遷他為資政殿學(xué)士。

蒲宗孟晚年，出任過(guò)豪州、杭州、鄆州知府。鄆州在今山東，靠近梁山泊，歷來(lái)多強(qiáng)盜。蒲宗孟到了那里，嚴(yán)厲打擊盜匪，終于把盜匪治理得差不多了。但是，蒲宗孟的措施也太殘忍了一些，即使是一些小偷小摸的人，只要被抓住了，也要將其腳筋割斷，而且有時(shí)候并沒(méi)有把情況完全弄清楚，冤枉好人的時(shí)候也是有的。因此，史書上批評(píng)他"為政慘酷"。

蒲宗孟最后任河中知府，到任后不久就病死在任上。蒲宗孟與北宋理學(xué)家周敦頤友善，將其妹許與周敦頤為妻。

蒲宗孟善于讀書，學(xué)問(wèn)也是很高的。他經(jīng)常告誡子弟："寒可無(wú)衣，饑可無(wú)食，書不可一日無(wú)。"他著有文集50卷，奏議20卷，今己失傳。他還在家鄉(xiāng)修了一座"清風(fēng)樓"專門藏書，供后人誦讀，這是南部縣最早的私人圖書館。

蒲宗孟初為官時(shí)，任觀察推官，后調(diào)入朝中任著作郎，在館閣中校正文書、檔案，制定各種制度。不久又到集賢殿校勘整理書籍。

那時(shí)，朝廷在專管財(cái)賦的三司新設(shè)置了一個(gè)官職，叫賬司，這是財(cái)政部門一個(gè)重職務(wù)，待遇很豐厚而權(quán)勢(shì)也很重。許多人都想得到這個(gè)職務(wù)，于是不少人到處鉆營(yíng)，拉關(guān)系，行賄賂，蒲宗孟卻好像不知道有這回事似的。可是執(zhí)掌三司的大臣把任命的意見(jiàn)報(bào)告皇上后，皇上卻下旨把這個(gè)職務(wù)授與了蒲宗孟。蒲宗孟在任這個(gè)職務(wù)期間，曾被皇上派往湖南一帶的荊湖北路、荊湖南路察訪民情。蒲宗孟到了那里，了解到那里連年遭受災(zāi)害，收成很差，人民的生活非常困苦，特別是辰州、沅州的情況更為嚴(yán)重。于是蒲宗孟將災(zāi)情迅速上奏朝廷，并申請(qǐng)免去辰州、沅州的役錢和荊湖南路的丁賦。朝廷批準(zhǔn)了他的申請(qǐng)，那里的人民才松了一口氣。

當(dāng)時(shí)王安石進(jìn)行改革，推行新法。蒲宗孟積極支持王安石的革新運(yùn)動(dòng)，并參與制定了"手實(shí)法"。這項(xiàng)新法的內(nèi)容是：國(guó)家把百姓的家產(chǎn)分為五等，每等都規(guī)定了具體的標(biāo)準(zhǔn)。老百姓根據(jù)自己的田地、房屋、牲畜、貨物等申報(bào)自己應(yīng)占的等級(jí)，然后根據(jù)財(cái)產(chǎn)等級(jí)確定應(yīng)該交納的賦稅。這一來(lái)，貧窮的人家就可以少交一些賦稅，富豪人家就要多交賦稅。富豪們?nèi)绻[匿自己的財(cái)產(chǎn)，允許群眾檢舉揭發(fā)。這種新法，對(duì)窮苦百姓是有好處的。

有一次，神宗皇帝和身邊的大臣談?wù)撜聲r(shí)，感嘆人才缺乏。蒲宗孟說(shuō)："現(xiàn)在的人才很難得，而已有的人才，又被司馬光邪說(shuō)毀掉了一半。"蒲宗孟這樣說(shuō)，可是神宗皇帝卻不以蒲宗孟的話為然。